Ο Μπρούννερ, υπο την ιδιότητά του ως στενός συνεργάτης του Αϊχμαν, είχε οργανώσει μαζί με τον συνεργάτη του Ντήταρ Βισλιτσέννυ, την εφαρμογή των ρατσιστικών μέτρων του Χίτλερ κατά των εβραίων της Θεσσαλονίκης. Και οι δύο, συνοδευόμενοι απο άλλους τέσσερεις ναζί, έφτασαν στην κατεχόμενη απο τους γερμανούς Μακεδονική πρωτεύουσα το Σάββατο 6 Φεβρουαρίου 1943, κι αμέσως επιδόθηκαν στο αποτρόπαιο έργο της εξολόθρευσης του εβραϊκού πληθυσμού.

Ο Μπρούννερ, ως επικεφαλής της ειδικής επιτροπής των SS και των SD, είχε αναλάβει την εφαρμογή και στην Ελλάδα των ρατσιστικών διαταγών του Χίτλερ, για την εξόντωση του εβραϊκού στοιχείου, φέρνοντας πολύ γρήγορα σε πέρας το τερατώδες έργο του.

Στο στρατηγείο τους, που το είχαν εγκαταστήσει στην οδό Βελισσαρίου 42, σε μια παλιά επιταγμένη εβραϊκή βίλα, οι Μπρούννερ και Βισλιτσέννυ, οργανώνουν με κάθε λεπτομέρεια το πογκρόμ σε βάρος της μέχρι τότε πολυπληθούς εβραϊκής κοινότητας της Θεσσαλονίκης.

Εξι μόλις ημέρες μετά την άφιξή τους στη Θεσσαλονίκη, τα δύο ανθρωπόμορφα τέρατα, εκδίδουν διαταγή με στοιχεία ΙVB-4, επιβάλλοντας σε όλους τους εβραίους να φορούν υποχρεωτικά το γνωστό διακριτικό κίτρινο άστρο. Ενώ την επομένη μέρα, στις 12-2-1943, διατάσσουν να τοποθετηθούν πινακίδες που να γράφουν "εβραϊκόν" σε όλα τα καταστήματα, τα γραφεία και τα ιατρεία των Εβραίων, καθώς και κίτρινο αστέρι στις εισόδους των σπιτιών τους.

Απο κει και πέρα, οι δύο λοχαγοί των Ες-Ες, πρωταγωνιστούν σε ένα πραγματικό όργιο σε βάρος της εβραϊκής κοινότητας της Θεσσαλονίκης, λεηλατώντας σπίτια και καταστήματα, βασανίζοντας, δολοφονώντας και οργανώνοντας την ομαδική αποστολή των Εβραίων στα κρεματόρια του Αουσβιτς, του Νταχάου, του Μπούχενβαλντ, του Μαουτχάουζεν κ.α.

Μέσα σε έξι μήνες, μέχρι τις 10 Αυγούστου 1943, οι δήμιοι Βισλιτσέννυ και Μπρούννερ, στέλνουν με πάνω απο 19 αποστολές το 95% των μελών της εβραϊκής κοινότητας Θεσσαλονίκης στα στρατόπεδα συγκέντρωσης του Γ΄Ράϊχ, όπου θα βρουν τραγικό τέλος.